Центр высшего образования Академического университета до 2009 года являлся самостоятельным юридическим лицом и назывался "Академический физико-технологический университет РАН" (АФТУ РАН). Этот университет, созданный в соответствии с постановлением Президиума РАН от 08.10.2002 г. № 290, был первым высшим учебным заведением, входящим в систему Российской академии наук. Распоряжением Правительства РФ от 14.03.2006 г. № 343-р ему был придан статус федерального государственного учреждения высшего профессионального образования, реализующего образовательные программы высшего и послевузовского профессионального образования.
В 2008 году вуз прошел государственную аккредитацию, по результатам которой ему был установлен государственный статус "высшее учебное заведение - университет" (свидетельство о государственной аккредитации №0670 от 31.05.2013).
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 28.05.2009 №1 21 Академический физико-технологический университет РАН был реорганизован путем присоединения к нему Санкт-Петербургского физико-технологического научно-образовательного центра РАН и лицея "Физико-техническая школа". Объединенная организация получила название "Учреждение Российской академии наук Санкт-Петербургский Академический университет - научно-образовательный центр нанотехнологий РАН". Центр высшего образования Академического университета является, по сути, правопреемником Академического физико-технологического университета РАН и отвечает за подготовку и выпуск магистров и аспирантов в университете.
26 апреля 2010 года Академическому университету на основе анализа современного состояния и динамики развития за последние 3 года, в том числе по таким критериям, как кадровый потенциал, инфраструктура образовательного процесса и научных исследований, эффективность образовательной и научно-инновационной деятельности, свидетельства международного и национального признания, присвоена категория "национальный исследовательский университет".
По заказу Фонда инфраструктурных и образовательных программ (http://www.rusnano.com/infrastructure) и компаний-работодателей, работающих в наноиндустрии, Санкт-Петербургский Академический университет разрабатывает и реализует образовательные программы в области нанотехнологий. Подробности
здесь.